Search result

BaseInfo

ncRNA ID novel_lus_miR223
Species Linum usitatissimum
Class miRNA
Genome position scaffold1475:82-288 [+]
Reference genome Lusitatissimum_200_BGIv1.0
Source SRR2996371
Length 24
Mature sequence(if miRNA) 1 - AUUUCACGUGUAUGUUGGGAAUCA - 24
Stem-loop(if miRNA) --    C           GG    CA A       AUC  G   CC   AAA      -C      AA C   A   UGUACA   A        ACA G    A
  AUUU ACGUGUAUGUU  GAAU  C AAAAAUU   GU UCA  GUG   GCCCUU  AAAUAA  G CAA UGA      AAA UGAUUUUA   C CAAU A
  |||| |||||||||||  ||||  | |||||||   || |||  |||   ||||||  ||||||  | ||| |||      ||| ||||||||   | ||||
  UAAA UGCAUGUACAA  UUUA  G UUUUUAA   CA AGU  UAC   UGGGGA  UUUAUU  C GUU ACU      UUU AUUAAAAU   G GUUA U
UA    C           GA    CC A       AUC  A   AA   CAC      CA      AC A   A   UUACUA   A        -GA -    A
Stem-loop sequence AUUUCACGUGUAUGUUGGGAAUCACAAAAAAUUAUCGUGUCACCGUGAAAGCCCUUCAAAUAAAAGCCAAAUGAUGUACAAAAAUGAUUUUAACACGCAAUAAUAAUUGGAGUAAAAUUAAUUUAUCAUUUCAAUUGACCAUUAUUUACAGGGGUCACCAUAAUGAAACCUAAAUUUUUAGCCAUUUAGAACAUGUACGUCAAAUAU