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BaseInfo

ncRNA ID novel_gar_miR1540
Species Gossypium arboreum
Class miRNA
Genome position Chr8:74181444-74181645 [+]
Reference genome Gossypium_arboreum_v1.0
Source SRR3180720
Length 21
Mature sequence(if miRNA) 1 - UAGACUCAUAAUUCAGCAAAG - 21
Stem-loop(if miRNA) --   AC                 C    CUA  UU    CU   -UUAA   UCAA     AU  GA  AAC         C   U AA     CCA    UA
  UAG  UCAUAAUUCAGCAAAGU GACA   AU  GGCU  CAA     GGA    CAUUU  UA  UG   AAACUAGAU GAU G  AUUGA   UGAU  A
  |||  ||||||||||||||||| ||||   ||  ||||  |||     |||    |||||  ||  ||   ||||||||| ||| |  |||||   ||||
  AUC  AGUAUUAGGUCGUUUCA CUGU   UA  UCGA  GUU     CCU    GUAGA  AU  AC   UUUGAUCUA UUA C  UGAUU   AUUA  U
UA   CC                 A    -AA  UU    -U   CGUAA   -UUC     AU  AC  AAU         U   C CA     --A    UC
Stem-loop sequence UAGACUCAUAAUUCAGCAAAGUCGACACUAAUUUGGCUCUCAAUUAAGGAUCAACAUUUAUUAGAUGAACAAACUAGAUCGAUUGAAAUUGACCAUGAUUAAUCUAUUAAUUAGUACCCAUUUAUCUAGUUUUAACACAUAUAAGAUGCUUUCCAAUGCUUGUAGCUUUAUAAUGUCAACUUUGCUGGAUUAUGACCCUAAU