Search result

BaseInfo

ncRNA ID novel_cmo_miR49
Species Cucurbita moschata
Class miRNA
Genome position Cmo_Chr18:296756-296922 [+]
Reference genome Cmoschata_v1
Source SRR1632266
Length 21
Mature sequence(if miRNA) 147 - UUUGGAUUGAAGGGAGCUCUA - 167
Stem-loop(if miRNA) --         GA       UA      UA    ----A      CU     G    AC    G UC      CC    UUUGAU    
  GAGCUCCUU  AGUCCAA  GAGGGU  UGGC     GGGUGA  GAGCU CUGA  UAUG A  CCACAG  CCUA      UGAGC
  |||||||||  |||||||  ||||||  ||||     ||||||  ||||| ||||  |||| |  ||||||  ||||      ||||U
  CUCGAGGGA  UUAGGUU  UUCCCA  AUUG     UCCGCU  UUCGA GACU  AUAC U  GGUGUC  GGAU      ACUCG
AU         AG       UG      -C    GUUUG      AC     G    CU    G UC      -C    ------    
Stem-loop sequence GAGCUCCUUGAAGUCCAAUAGAGGGUUAUGGCAGGGUGACUGAGCUGCUGAACUAUGGAUCCCACAGCCCCUAUUUGAUUGAGCUGCUCAUAGGCCUGUGGCUUGCAUAUCUCAGGAGCUUCAUCGCCUGUUUGGUUACACCCUUGUUUGGAUUGAAGGGAGCUCUA